快速上手
首次登录AI Scientist系统后，您将进入快速上手引导界面。该引导将帮助您完成以下基础设置：
- 创建您的第一个研究项目
- 熟悉AI Scientist的界面布局，包括中心对话区、工作区、项目与对话区、实体展示区
建议您按照引导逐步完成设置，以便快速掌握AI Scientist的基本操作流程。
基础使用流程
Section titled “基础使用流程”AI Scientist的设计理念：让研究人员在对话中完成从序列获取到分析结果的全流程。
主要分为四个阶段：
第一阶段：提出研究需求
Section titled “第一阶段：提出研究需求”您可以在聊天框中直接输入您的研究问题，例如”我想在E. coli BL21中过表达来自Bacillus subtilis的α-淀粉酶基因，用pET-28a载体，需要Gibson组装”。AI Scientist将自动理解您的需求并规划执行步骤。
第二阶段：自动执行任务
Section titled “第二阶段：自动执行任务”AI Scientist会自动执行多步骤操作，包括：
- 从NCBI获取基因序列
- 针对表达宿主进行密码子优化
- 加载标准载体
- 设计Gibson组装策略
- 模拟组装过程
- 添加feature注释等
您只需确认关键决策点，其余工作由AI Scientist自动完成。
第三阶段：获取结果
Section titled “第三阶段：获取结果”任务完成后，AI Scientist会返回：
- 可下载的GenBank文件
- 引物订购表（CSV/TSV格式）
- 交互式可视化结果
您可以直接下载所需文件用于后续实验。
第四阶段：保存与管理
Section titled “第四阶段：保存与管理”您可以选择将序列保存到组件记忆库，以便后续快速调用。同时，AI Scientist会记住您的研究上下文，包括常用宿主生物、偏好克隆方法、实验室约束等，持续优化为您提供的服务。
AI Scientist提供丰富的快捷命令，助您快速定位所需功能。在聊天输入框中键入”/“即可查看可用命令：
| 命令 | 说明 | 适用场景 |
|---|---|---|
/deep-research | 多源深度研究综述 | 开始新课题调研或文献综述 |
/research | 快速证据检索 | 查找具体事实、协议或数据 |
/document | 创建结构化文档 | 撰写实验方案或技术路线 |
/sequence | 序列设计与分析 | DNA/RNA/蛋白质序列相关任务 |
/plasmid | 质粒设计与注释 | 设计或分析质粒构建体 |
/primers | 引物设计 | PCR、测序、突变、Gibson引物 |
/gibson | Gibson组装设计 | 多片段无缝克隆 |
/memory | 组件库操作 | 保存、检索、搜索生物组件 |
/create-skill | 创建个人技能 | 封装常用工作流 |
/save-skill | 从会话保存技能 | 将已完成操作保存为可复用技能 |
交互式可视化
Section titled “交互式可视化”AI Scientist的输出不仅限于文本，还提供多种交互式可视化组件，帮助您更直观地理解分析结果：
| 可视化类型 | 说明 |
|---|---|
| 序列图谱 | 线性序列可视化，含feature注释、限制性酶切位点、GC分布、ORF预测 |
| 质粒图谱 | 环形质粒图谱，标注功能元件（启动子、CDS、选择标记等） |
| 蛋白质3D结构 | 交互式蛋白质三维结构查看器 |
| 序列比对 | 多序列比对可视化 |
| 引物结果表 | 交互式引物设计结果表，含Tm、GC%、序列和一键复制 |
| 统计仪表盘 | 关键指标的仪表盘样式展示 |
| 甘特图 | 项目计划甘特图，含依赖关系和进度追踪 |