序列分析
AI Scientist提供一套序列分析工具，帮助您在克隆前后对DNA和蛋白质序列进行表征。这些分析直接在当前会话中的序列上运行，生成交互式可视化和可下载的结果。
限制性酶切分析
Section titled “限制性酶切分析”在任意序列中搜索限制性内切酶切位点。您可以：
- 指定特定酶（如EcoRI、BamHI、NotI）检查特定位点
- 使用预定义酶集（如常用克隆酶、Type IIS酶）筛选兼容位点
- 识别需要在domestication工作流中移除的位点（如Golden Gate组装）
结果显示每种酶的精确切割位置、悬垂序列和产生的片段大小。
GC含量分析
Section titled “GC含量分析”分析总体GC百分比，并使用滑动窗口图可视化序列中的分布。适用于：
- 识别可能影响克隆、测序或表达的GC富集或AT富集区域
- 评估密码子优化序列的GC分布均衡性
- 发现基因合成的潜在问题（极端GC区域通常被合成供应商标记）
在整条序列上进行六框搜索，查找开放阅读框。ORF按长度排序，显示起始/终止密码子位置、阅读框和链。这帮助您验证目标CDS是否为主要ORF，并检测任何非预期的阅读框。
密码子使用分析
Section titled “密码子使用分析”计算任意编码序列的密码子频率统计。将密码子使用谱与目标宿主的首选密码子表进行比较，识别可能限制翻译效率的稀有密码子。
序列复杂度分析
Section titled “序列复杂度分析”检测可能在克隆或合成过程中造成问题的序列特征：
- 重复序列 — 可能导致重组的正向和反向重复
- 同聚物连续序列 — 影响测序准确性的单核苷酸长连续序列
在所有六个阅读框或指定阅读框中将DNA序列翻译为蛋白质。适用于在密码子优化、突变或组装等修改后验证构建体是否编码目标蛋白质。