序列比对
序列比对是分子生物学比较分析的基础。AI Scientist支持三种比对模式，从简单的双序列比较到大规模数据库搜索，所有操作都可在研究对话中直接完成。
双序列比对（Pairwise Alignment）
Section titled “双序列比对（Pairwise Alignment）”将两条序列并排比较，识别相似区域、错配和缺口。双序列比对常用于：
- 验证克隆构建体是否与预期设计一致
- 比较野生型序列与突变体变体以确认引入的变化
- 评估来自不同生物体的同源基因之间的序列同一性
结果包含颜色编码的匹配/错配比对可视化、同一性和相似性百分比以及缺口统计。
多序列比对（MSA）
Section titled “多序列比对（MSA）”同时比对三条或更多序列，识别一组相关序列中的保守区域和可变位点。MSA对以下工作至关重要：
- 识别蛋白质家族中的保守功能域
- 通过标记耐受变异的位点指导诱变实验
- 构建同源序列之间的系统发育关系
AI Scientist将MSA结果渲染为交互式比对查看器，包含保守性评分和共识序列显示。
BLAST搜索
Section titled “BLAST搜索”使用BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）搜索NCBI公共数据库，查找与查询序列相似的序列。BLAST搜索适用于：
- 在其他生物体中识别目标基因的同源物
- 对照参考数据库验证序列身份
- 发现用于比较研究或引物设计的相关序列
结果包含排名靠前的匹配项，附带比对分数、E值、百分比同一性和源数据库条目的直接链接。