Gibson组装
AI Scientist通过/gibson命令提供完整的Gibson等温组装工作流。从片段采集到组装模拟的整个过程都在一次对话中完成，生成可直接订购的引物和带注释的构建体文件。
Gibson组装流程遵循六个顺序步骤：
| 步骤 | 操作 | 详情 |
|---|---|---|
| 1 | 序列采集 | 自动从序列库或NCBI中获取片段 |
| 2 | 载体线性化 | PCR反向扩增（推荐）或酶切 |
| 3 | 重叠区设计 | 相邻片段之间25-40bp重叠区自动计算 |
| 4 | 组装引物设计 | 为每个片段生成带overlap的引物 |
| 5 | 组装模拟 | 模拟多片段Gibson组装，生成完整环化产物 |
| 6 | 注释与交付 | 自动添加feature注释，导出GenBank文件，保存到序列库 |
AI Scientist支持单次操作中2-6个片段的组装。系统自动处理：
- 方向修正 — 检测并校正片段方向，确保正确的组装顺序
- 重叠区优化 — 调整重叠长度以平衡所有接合处的Tm均匀性
- 冲突检测 — 识别潜在问题，如接合处的重复序列或不兼容的重叠
模拟完成后，您将获得：
- 组装构建体的完整注释GenBank文件
- 所有组装引物的引物订购表（CSV/TSV）
- 显示所有片段、重叠区和features的交互式序列图谱
- 组装构建体自动保存到组件记忆库以供后续使用