表达盒与载体设计

设计表达盒需要选择和组装正确的遗传元件——启动子、核糖体结合位点（RBS）、编码序列（CDS）和终止子——确保正确的顺序和方向。AI Scientist自动化这一过程，利用内置的元件库和成熟的设计规则。

表达盒构建

GenerateExpressionCassette工具自动组装完整的表达盒：

1. 启动子选择 — 从内置库中选择或指定自定义启动子
2. RBS插入 — 选择适合目标表达水平的核糖体结合位点
3. CDS准备 — 您的编码序列，可选择针对目标宿主进行密码子优化
4. 终止子添加 — 附加标准终止子以确保正确的转录终止

组装好的表达盒以带注释的序列输出，所有元件均有标记，可直接用于下游克隆或Gibson组装。

启动子与RBS选择库

AI Scientist提供常用调控元件的参考表：

宿主	可用元件
E. coli	T7、tac、lac、araBAD启动子；多种RBS强度（弱/中/强）
酵母	GAL1、TEF1、GPD、ADH1启动子；Kozak序列变体

每个元件条目包含预期表达强度、诱导条件（如为诱导型）和兼容性说明，帮助您在表达盒设计中做出明智决策。

过表达策略

AI Scientist可以根据您的实验目标推荐完整的过表达策略，从初始构建体设计到生产规模：

• 密码子优化 — 使CDS适应目标宿主的密码子偏好
• 启动子强度调节 — 匹配表达水平以满足您的需求（筛选 vs. 生产）
• 拷贝数选择 — 在基于质粒的表达和染色体整合之间选择
• 染色体整合 — 用于生产菌株的稳定、无抗生素表达

Parts组装

使用标准化组装逻辑将多个生物学元件拼接成更大的构建体。元件之间使用适当的间隔序列和接合处连接，确保相邻元件之间的功能兼容性。