密码子优化

密码子优化对于在不同生物体之间转移基因时最大化蛋白质表达至关重要。不同宿主具有不同的密码子使用偏好，使用稀有密码子可能大幅降低翻译效率。AI Scientist提供一套密码子优化工具，确保您的构建体针对目标表达系统进行了优化。

宿主特异性优化

针对多种表达宿主优化编码序列，包括：

• 细菌宿主 — E. coli（多种菌株）、Bacillus subtilis、Corynebacterium glutamicum
• 酵母宿主 — Saccharomyces cerevisiae、Pichia pastoris
• 哺乳动物宿主 — CHO、HEK293及其他常用细胞系
• 其他宿主 — 昆虫细胞、植物细胞及其他生物体

优化器调整密码子使用以匹配宿主的首选密码子表，同时避免可能干扰克隆或表达的序列特征（如内部酶切位点、RNA二级结构、同聚物连续序列）。

CAI计算

密码子适应指数（Codon Adaptation Index, CAI）提供编码序列对目标宿主适应程度的定量指标。AI Scientist计算原始序列和优化序列的CAI分数，让您比较改善程度并评估表达潜力。

反向翻译

将蛋白质序列转换为针对目标宿主优化的DNA序列。以下场景特别有用：

• 您有来自数据库（如UniProt）的蛋白质序列，需要合成基因
• 您正在设计蛋白质变体，需要对应的DNA用于合成
• 您想比较多个宿主的密码子优化版本

多方案比较

AI Scientist可以为同一序列生成多个优化方案，让您在CAI分数、GC含量和合成复杂度之间权衡取舍。每个方案包含合成就绪性评估，标记基因合成供应商可能遇到的潜在问题（如极端GC区域、长重复序列或有问题的二级结构）。